1.生态系统多样性
新疆境内生态系统是在三山夹两盆的景观特征中由干旱的盆地和较为湿润的山地组成，两者间的水热条件相差悬殊及地理位置的差异，使得新疆的生态系统呈现出多样性的特点。
新疆区域内的生态系统除自然生态系统外，还包括半人工、半自然生态系统(如绿洲生态系统)和人建生态系统(如城市生态系统)。按无机环境特征又可将这些生态系统分为陆地生态系统、湿地生态系统和沙漠生态系统几种类型，其中新疆的陆地生态系统中，根据其生物群的特征，又可分为森林生态系统、草地生态系统和荒漠生态系统几大类。主要类型及分布包括：
(1)森林生态系统：新疆的森林复被率仅有1.68%，森林生态系统主要是在北疆山区中山带阴坡1700-2500m的高度，以茂密的寒温带和中温带针叶林森林生态系统为主。其次在针叶林之下还分布着针阔叶混交林及落叶阔叶林森林生态系统，盆地中分布着温带荒漠落叶阔叶林森林生态系统。盆地森林面积很小，在塔里木盆地主要是以河岸林为主的胡杨林生态系统。由于新疆南北向所处的纬度范围较大，所以在阿尔泰山的森林生态系统表现为寒温带的泰加林类型，而天山和昆仑山西段的森林生态系统则表现为中温带森林类型。即使在同一纬度，天山山脉东部与西部的森林类型也不尽相同，在东天山则表现为以落叶松为主的针叶林类型。
落叶阔叶林森林生态系统特有的类型包括：天山野果林生态系统、天山野核桃林生态系统、小叶白腊生态系统和野巴旦杏生态系统等。天山野果林和野核桃林是我国特殊的阔叶林森林生态系统类型，是我国少有的第三纪“残遗”群落，属生物多样性特殊地区之一，已被列为中国优先保护的生态系统名录，是今后可持续发展重要的生物资源基因库。天山野果林现残存于中亚和我国西部山地，在我国仅分布于新疆伊犁地区的天山山区和塔城地区的塔尔巴哈台山南麓、巴尔鲁克山。天山野果林是中亚野果林的重要组成部分之一，在新疆乃至中亚荒漠地区中均占有特殊和重要的地位。野核桃林主要分布在伊犁谷地的巩留和霍城一带，其中巩留野核桃保护区是其主要的分布区域。此外还有小叶白腊和野巴旦杏等生态系统，分布于伊宁县和裕民县境内，都已建立了相关的自然保护区。
(2)草原(地)生态系统：
新疆的草原(地)生态系统中由阿尔泰山、天山、昆仑山等山系的草甸生态系统和草原生态系统两大部分组成，其中草甸生态系统又分为典型草甸、沼泽化草甸等生态系统，按山地又可分为高山草甸、亚高山草甸和山地草甸等类型;草原生态系统由草甸草原、典型草原、荒漠草原和高寒草原等生态系统组成。各山系的草原生态系统中的生物要素各不相同，所处的纬度及环境因子也不尽相同，因此海拔高度相差也很大。新疆已在新源县建立了山地草甸类生态系统自然保护区，在福海县建立了山地草原类生态系统自然保护区。
(3)荒漠生态系统：
新疆的荒漠生态系统以大的地貌单元可分为准噶尔盆地荒漠生态系统、塔里木盆地荒漠生态系统、东疆山间盆地荒漠生态系统及昆仑-阿尔金山高原荒漠生态系统几大部分。
在上述荒漠生态系统中主要包括以戈壁藜群系植被为主的半灌木石质荒漠;以膜果麻黄或琵琶柴群系为主的小灌木、半灌木砾质荒漠;以沙拐枣、梭梭、沙蒿群系为主的灌木、小半灌木、小半乔木沙质荒漠;以琵琶柴群系为主的半灌木土质荒漠及盐穗木或盐节木群系为主的盐生荒漠;以垫状驼绒黎群系植物为主的垫状小半灌木高寒荒漠等荒漠生态系统类型。
准噶尔盆地荒漠生态系统中的灌木荒漠以梭梭林群系荒漠植被为主，在乌苏甘家湖一带的梭梭林是亚洲中部地区典型的荒漠林植被，目前已在此建立起相关的保护区。此外在该盆地的东侧的奇台县建立了荒漠类草地生态系统自然保护区。沙生柽柳是塔里木盆地荒漠生态系统的特有种植物。乌恰县的矮沙冬青是我国特有的珍稀孑遗植物，其保护区已被纳入新疆维吾尔自治区自然保护区发展规划中。
昆仑山、阿尔金山高原荒漠生态系统主要以山地荒漠和高寒荒漠植被类型为主。
(4)绿洲生态系统
绿洲生态系统是在干旱区的一类独特的生态系统，具有独特的结构和功能。除一些河岸林为主的绿洲为自然生态系统外，新疆的绿洲多为人工和半人工生态系统，其系统内的结构、功能都直接依赖于人类的经营活动，任何不适度的干扰都将给系统带来重大影响。绿洲生态系统包括绿洲内部人类生态系统和绿洲外围人类生态保护系统，其中绿洲人类生态系统是绿洲生态系统的主体，也就是人们常指的农区生态系统。
新疆的农区生态系统类型主要包括农田生态系统、种植物园(场)生态系统及农区边际土地生态系统等。农田生态系统是绿洲生态系统的重要组成部分。新疆的农田主要以旱作农田(水浇地)为主，多分布在南疆和北疆的各水系的绿洲中。
绿洲外围人类生产保护系统主要是人工栽培的各种类型的防护林生态系统。除此之外，还有许多地区有农区畜牧业生态系统夹杂于其中。
(5)湿地生态系统：
根据湿地的起源与发生不同，内陆湿地生态系统又可分为沼泽、湖滨和河滩等自然湿地生态系统和部分人工湿地生态系统。
新疆的湿地生态系统中的河滩类生态系统包括塔里木河及其上游和田河、叶尔羌河、阿克苏河、渭干河;伊犁河及其上游的特克斯河、巩乃斯河、喀什河;乌伦古河及上游的布尔根河;以及额尔齐斯河、乌鲁木齐河等河流水系构成各种各样的河滩类生态系统。
在新疆的大部分河流，天然湿地最终潴聚成湖沼，形成各种湖滨类生态系统和沼泽类生态系统，其中主要有博斯腾湖、艾比湖、乌伦古湖、巴里坤湖、艾丁湖、克拉玛依湖;及高原和高山的阿牙克库木湖、阿其克库勒湖、鲸鱼湖、赛里木湖、喀纳斯湖、天池，此外还有巴音布鲁克的大、小尤尔都斯及布伦口湖群等等湿地生态系统。
由于上游河流的过度利用或被截断，目前在新疆因干涸而丧失了罗布泊、台特马湖和玛纳斯等三个较大的湖泊生态系统。
上述湿地中，其中阿牙克库木湖、阿其克库勒湖、鲸鱼湖、博斯腾湖、艾比湖、乌伦古湖、巴里坤湖、赛里木湖、喀纳斯湖、艾丁湖、克拉玛依湖、巴音布鲁克、罗布泊、玛纳斯湖、塔里木河、布尔根河等16种湿地被列为“亚洲湿地名录”中的国际重要湿地，也是我国的重要的湿地生态系统。喀纳斯湖、巴音布鲁克、布尔根河等已建立了相应的自然保护区。
2.物种多样性(采用中科院新疆分院资料)
(1)植物物种多样性
新疆分布的野生植物，除部分真菌外，高等植物中的蕨类植物和种子植物约占全国种数的12.9%。被子植物有109科，是植物区系的主要部分，其中菊科、禾本科、藜科、豆科、十字花科、蔷薇科、毛茛科、莎草科、唇形科、石竹科、玄参科、百合科、伞形科、蓼科、紫草科等15科种类最多，共计有2618种，占其种数的76.8%。
新疆植物区系地理成分相当复杂：以旱生种类为主的中亚成分主要分布于准噶尔盆地西部荒漠地带，不少种类亦进入山地植被;地中海成分亦占有一定地位;旧大陆温带区系成分为草原植被的主要组成。中生性的泛北极区系成分，在新疆山地的森林、灌丛、草甸和高山植被中占有主导地位。
新疆野生植物资源丰富，按其用途可分为野生食用植物、野生种质资源植物、野生药用植物、野生工业用植物及野生花卉。
在新疆野生食用植物中，属野生维生素植物的有野苹果、野杏、野蔷薇、沙棘;属野生淀粉、糖类和蛋白质植物的有鹅绒委陵菜、拳参、锁阳、野碗豆、野燕麦等;属野生油料植物的有野胡桃、野扁桃等近110种;属野生饲用植物的有三叶草、草木樨、苜蓿、冰草、草地早熟禾、布顿大麦等，包括禾本科约140种，莎草科约20种，藜科约45种，十字花科约20种，菊科约20种;属野生蜜源植物的约有200种。
在新疆农作物野生近缘种植物中，属谷类作物的野生近缘植物有新源稻、鹅观草、偃麦草属、冰草属、旱麦草属、山羊草属、黑麦属、赖草属以及狗尾草属的一些种类;属油料作物的近缘植物有野芥菜、芝麻菜、野大麻以及胡麻属的一些种类;新疆是野百合科葱属植物的起源中心，分布有属葱属植物的种质资源有63种，分别隶属韭类20种、蒜类15种、葱类20种，其中90%以上为野生种。
新疆分布的药用植物有2014种，分隶167科、648属，包括栽培种类558种，收购品种达150种之多，不少为本区特产。其中重要的种类，有甘草14种、贝母10种、麻黄10种、阿魏15种。此外，广泛分布于新疆北部山地的雪莲，亦具有重要药用价值。
新疆具有较高观赏价值的野生花卉植物有54科117属、394种，目前其大都仍处于野生状态，具有开发的潜在优势其较重要的种类有块根芍药、金莲花、柳兰、补血草属、乌头属10多种、翠雀花属和鸢尾属各10种以及雅致毛菊300多种菊科植物中的不少种类。
野生工业用植物中，作为木材资源的主要为雪岭云杉、新疆落叶松、胡杨以及其它各种杨树、榆树等;作为野生纤维植物的有30个优质产品种，其中芦苇、芨芨草、大花野麻的分布面积及产量高居全国之首;属野生鞣料植物的有雪岭云杉、拳参、酸模、皱叶酸模、水杨梅、矶松等25种;属野生芳香油植物的有野薄荷、留兰香、百里香、密花香薷、罗勃等唇形科种类以及啤酒花等共27种。
根据1984年7月国务院环境保护委员会批准公布的《国家重点保护植物名录》，新疆属国家Ⅱ级保护的植物有7种：有矮沙冬青、盐桦、星叶草、裸果木、半日花、胡桃、新疆野苹果。属国家Ⅲ级保护的有西伯利亚冷杉、内蒙黄芪、新疆阿魏、瓣鳞花、新疆贝母、梭梭、白梭梭、西伯利亚云杉、西伯利亚红松、胡杨、灰胡杨、雪莲花、沙生柽柳等14种。
(2)动物物种多样性
新疆分布有脊椎动物近700种，约占全国种数的11%，其中陆栖脊椎动物有644种，占全国种数的24%。兽类有7目、22科、168种，以有蹄类、啮齿类及其食肉类动物最为繁盛，分别有18、68和20种，啮齿类约占全国种数的40%。分布的鸟类有18目、35科、428种，其中游禽类31种，涉禽类和走禽类21种，鸡形目和鸠鸽类25种，猛禽类48种和鸣禽类241种。分布的爬行类有2目、8科、41种，以蜥蜴类最为繁盛，占29种，且大多为区域特有种。两栖类在新疆仅有2目、3科、7种。分布的土著鱼类，包括早期移殖种在内，共有7目、10科、53种，其中鲤形目鲤科的10种，裂腹鱼亚科和12种鳅科鱼类，多为区域特有种。
新疆无脊类动物估计有15000种以上，以昆虫类为多，已知有7000——8000种，其他门类有1200种。
新疆在动物地理区划上，分隶古北界、欧洲——西伯利亚亚界的阿尔泰——萨彦岭区;中亚分界的哈萨克斯坦区，蒙新区和青藏区，动物区系组成复杂。
天然蛋白源动物——包括可供狩猎利用的奇蹄目、偶蹄目、兔形目兽类，雁形目、鸡形目、鸽形目及鹤形目的鸨科、秧鸡科鸟类，以及爬行、两栖类的龟、蛇和蛙类;可供渔业捕捞的鲑科、鲟科、鲈科名贵鱼类和多种鲤科经济鱼类;作为渔业饵料基础或直接可供食用的各种浮游和底栖动物，在新疆分布很广，蕴蓄量巨大。
药用动物——新疆分布药用动物有103种，其中入典重要种类(及药用部位)，有兽类的棕熊和藏马熊、虎和雪豹、马鹿、原麝、赛加羚、河狸、飞鼠;鸟类的3种雪鸡和花尾榛鸡;爬行类的四爪陆龟、蝮蛇和蝰蛇;两栖类的中亚蟾蜍和林蛙;蛛形类的蝎子等。
毛羽用动物——新疆毛皮兽中，有各种食肉目的犬科、熊科、鼠科和猫科，以及兔形目、啮齿目松鼠科动物;可产出优质绒毛的有藏羚、野牦牛和野骆驼等;羽用禽中，羽毛可供饰用或作填充料的鸟类有30种以上，主要由各种鹭、鹤、鸨、鹳、鹰、雕及鸭类所组成。
观赏动物——在新疆各类平原与山地自然景观中，栖息有野骆驼、野驴、野牦牛、各种鹿类、野羊、羚羊等有蹄类，各种食肉类及大型啮齿类，多种猛禽、走禽、游禽和鸣禽等观赏价值很高的野生动物，
役用动物——在新疆，可通过驯养用于助猎、助渔的动物主要有金雕、苍鹰、猎隼及鸬鹚，猎隼的捕捉与助猎尤为国际狩猎界青睐;对良种采蜜昆虫黑蜂的保护与利用，使新疆成为我国重要养蜂与产蜜基地。
祖型动物——在新疆分布的野骆驼，野马、野猪、野牦牛、灰雁、绿头鸭、原鸽等，向被视为家畜、家禽的野生祖型种，其在研究各种家养动物起源、品种分化与实施杂交改良上具有重要的科学价值与实际意义。
可驯养动物——有新疆的马鹿、赛加羚、藏羚、岩羊等多种有蹄类，紫貂、石貂、赤狐等珍贵毛皮兽，雪鸡、花尾榛鸡、猎隼等珍禽以及四爪陆龟等，各种鲟、鲑等名贵鱼类的养殖开发，可为新疆渔业增殖与结构优化作出贡献。
天敌动物——新疆多种食肉类、猛禽以及鹳、鹤、鸦类、蛇类能大量捕杀害鼠;约有半数的鸟类以及大多爬行两栖类主要以昆虫为食。各种天敌昆虫，通过寄生与捕食亦杀灭大量害虫，在抑制农、林、牧业虫鼠害发生上起着重要作用。
根据1988年国务院批准的《国家重点保护野生动物目录》，新疆为国家重点保护的动物有113种，约占全国保护种数的1/3。其中列为Ⅰ级保护的有28种，包括兽类的紫貂、貂熊、虎、雪豹、蒙古野驴、藏野驴、野马、野骆驼、野牦牛、普氏原羚、藏羚、高鼻羚羊、北山羊、河狸等14种;鸟类的白鹳、黑鹳、金雕、白肩雕、玉带海雕、白尾海雕、胡兀鹫、黑颈鹤、白鹤、大鸨、小鸨、波斑鸨等12种，以及爬行类的四爪陆龟和鱼类的新疆大头鱼各1种。列为Ⅱ级保护动物有85种，包括兽类17种，鸟类67种和昆虫1种。
3.遗传多样性
(1)野生生物遗传多样性
新疆地域辽阔，环境岛屿化与地理隔离普遍存在，在相当程度上阻断了区域间物种内遗传基因的交流，在不同地理区或水系，形成了与所处自下而上环境相协调而可鉴别的遗传特征。表现为物种不同地理群的异种分化。
新疆脊椎动物中，兽类和鸟类已记载的2种分化数多达49和168个，分化率分别达29.3%和29.5%，远高于周边等面积区域。
众多亚种分化是遗传多样性区域分异的重要标志，是新疆生物遗传多样性丰度的集中体现。
(2)驯养动物遗传多样性
新疆是我国家养动物品种和类群最丰富的省区之一。据统计，共有家畜、家禽品种和类群42个以上，包括绵羊13个、山羊3个、牛10个、马5个、驴1个、骆驼2个、马鹿3个、猪2个、鸡2个、鹅1个。且大多为地方品种。其著名的优良品种主要有：新疆细毛羊、中国美利奴羊、和田羊、新疆羔皮羊、阿勒泰羊、巴音布鲁克羊、多浪羊、塔什库尔干当巴什大尾羊、小尾寒羊、新疆褐牛、伊犁马等。另外，驯养繁殖的野生动物主要有马鹿、水貂、银狐、北极狐、麝鼠、雪鸡等;养蚕业家蚕品种众多;养蜂业的优良蜂种黑蜂为早期引自原苏联。
(3)栽培植物遗传多样性
新疆农作物遗传资源丰富，除有不少地方品种外，还引进大量外地品种，据统计，粮食作物共有品种10328份(其中地方品种772份)，包括冬小麦4425份，春小麦4287份，水稻250份，玉米673份，大麦63份，各种豆类600多份。棉花品种1238份。各种油料作物有品种4562份(其中当地品种196份)。甜菜品种有270份。
新疆瓜类品种有485个(其中地方品种105个)，包括甜瓜410个，西瓜67个，打瓜8个。有蔬菜品种601个(其中地方品种262个)。啤酒花除有野生品种外，还引进品种30多个。此外，还有桑树品种138个。
这些新疆农作物品种中，属名、特、优、稀的有：新疆小麦、新疆长绒棉、哈密瓜、新疆西瓜、无核白葡萄、木纳格葡萄、库尔勒香犁、赛买提杏、库车杏、新疆巴旦杏、阿图什无花果、新疆核桃、金冠苹果、叶城石榴、哈密大枣、桑椹、疏附阿月浑子、吉木萨尔大蒜、哈密洋葱、焉耆尖椒、加工蕃茄、安息茴香、新疆贝母、甘草、阿魏、新疆雪莲、枸杞等。
(4)水产养殖类遗传多样性
据80年代末调查，新疆共有鱼类90种，其中土著鱼类约占50%，目前鱼种数已超过100种。土著鱼类中有经济鱼类27——28种，新疆大头鱼等10种裂腹鱼类为中亚高山复合体区系成分，能适应高山，严寒和水流急湍的环境，大多为区域特有种。
解放以后从外地移入四大家鱼等多种鱼类是新疆鱼类资源的重要补充，极大地丰富了新疆养殖鱼类遗传多样性，其中鲢、鳙、团头鲂、鲤鱼等已成为全疆多数湖泊、水库、坑塘、池溏的养殖对象，所用品种甚多。鲢、鳙、草鱼还在塔里木河流域形成了在引种地区极其罕见，规模与原产地嘉陵江流域相当的天然产殖场。
在新疆渔业水体分布的浮游植物有157种，分隶9门。浮游动物有76属，底栖动物有130种，在咸水湖与盐湖，还分布有适盐性的卤虫3种。这些水生动植物，不仅为鱼类生存提供了重要饲料基础，而且不少还是人类可以直接利用的遗传资源。
二、新疆生物多样性受威胁现状及其原因
1.受威胁现状
新疆处于内陆干旱地区。生态系统结构简单、脆弱，一般难以承受由于人口剧增、经济强度开拓的压力，在无序开发情况下，生态系统结构的破坏与瓦解在所必然。
近年对甘草、麻黄、肉苁蓉、贝母等药用植物的大量采挖，使其资源储量迅速减退;养鹿业发展中，对野生仔鹿大量捕捉，加之偷猎肆虐，使野生种群数量已不足70年代的1/4;鹿的过度捕猎，导致其资源枯竭;渔业强度捕捞，使自然水体渔获量由70年代的7000t以上，下降至目前不足5000t。可见，无节制的开发利用，使新疆不少生物的资源优势迅速消失，甚至导致物种濒危与灭绝。目前，新疆已被列入《中国濒危动物红皮书》的动物已有83种，约占全国濒危动物种数的15.4%。其中列为极危的24种，野马、赛加羚羊已野外绝迹，新疆大头鱼的生存亦濒临威胁。
新疆农、林、牧与水产养殖业发展中，大量外来物种的品种引入，在丰富新疆生物多样性组成的同时，亦使原有地方品种遗传资源大量流失。广泛用于种植和养殖优良品种的单一化，使许多具有优良特性的地方品种在逐渐丧失。
2.受威胁的原因
新疆近代动物物种濒危与灭绝过程显示：无节制的乱捕滥猎，曾导致准噶尔盆地赛加羚绝迹。新疆戈壁沙漠地带鹅喉羚和东昆仑——阿尔金山藏羚羊种群衰减，天山北麓盘羊种群消失和塔里木马鹿物种濒危;大规模经济开拓，牧业发展对草场与水源侵占，导致野马野外种灭绝;农业发展对水资源制约，致使罗布泊的鱼类和水禽栖息地消失，艾丁湖卤虫资源荡然无存;大规模油气、矿产资源开发，严重危及野驼生存。河鲈等外来鱼种移植，造成土著的新疆大头鱼等裂腹鱼类物种濒危。塔里木河下游大面积湿地消退，野猪锐减，又导致以其为主要食物的里海虎的灭绝。可见，被公认为导致世界动物物种致危的四大动因，即过度猎捕，生境破坏、物种入侵以及由此引发的次生原因。在我区各地相继出现，且其影响范围与致危速率目前仍有增无减。
遗传多样性的丧失，主要是人们对其重要价值缺乏认识，对丰富的品种资源缺乏全面整理与发掘;在组织公众保存、繁衍和实施专门保护上缺乏具体措施与可行的技术途径。
三、保护区建设与管理
1.自然保护区建设与管理
我区拥有丰富多样的自然景观和自然生态系统及分布于其内的独特的物种资源，具有极高的保护价值。尽管我区在自然保护区规划建设方面起步晚，但自1980——1986年间就建立了自然保护区20个，其中阿尔金山、喀纳斯、巴音布鲁克被列入国家级自然保护区。
但是，自然保护区建设经费短缺和管理经费不足是影响我区自然保护事业向前推进的制约因素。如面积为4.5×104km2的阿尔金山国家级自然保护区，(比台湾地区还大四分之一)每年拨款30余万元，很难做到管护设施完善及维护，例行的管护工作也因人员工资、交通费用不足难以到位。更多的地方级保护区现状条件极差，不能发挥自然保护区应有的作用。鉴于上述原因，自1986年以后，我区自然保护区的发展基本处于停滞状态，许多亟待拯救的物种分布区、特殊地质地貌无力建立保护区进行保护。
实施自然保护区主管部门及其管理机构对自然保护区统一管理是保护区事业发展中亟待解决的另一重要问题，就保护区内的矿产开发，旅游问题应作为重点问题进行规范。
新疆尚有多处极有保护价值的地质地貌，珍稀植物及湿地需建立保护区加以保护。自1986年后仅就极易遭受破坏的北鲵，对当地生态环境恶化影响较大的艾比湖湿地、夏尔西里羊类及珍稀动植物分布地建立了保护区。2.风景名胜区建设与管理
我区本次调查中仅统计经国务院或自治区主管部门批准的风景名胜区。
目前，规划批准风景名胜区与其划定后的管理脱节问题应引起重视，新疆的风景名胜区以自然风光为主体，因此一些风景名胜区是在自然保护区基础上设定的，自然保护区与风景名胜区之间的相互转化，应以批准建立的时序为准，遇到需改变性质的应充分征求原主管部门及其上级部门的意见;另外风景名胜区要由承担责任的主管单位实施统一管理，这样方可使统一规划得以实施;由于风景名胜区是可以产生经济效益的地域，只有将保护的责任与利用产生效益紧密挂钩(即权利与义务结合)才能避免矛盾和取得持续利用的效果。现有的风景名胜区也存在着管理机构不健全、管理体制不顺，难以实施统一管理的问题，不能适应自治区改革开放与旅游业发展的需要，亟待加强。
四、生物多样性保护中存在的问题
“家底”不清，缺乏应对的保护措施。由于我区地域辽阔，许多地域人迹罕至，以及迄今未进行过全面系统的生物资源调查，所以说物种的“家底”不清。这是我区生物多样性保护中存在的首要问题。如1982年编写《新疆环境质量报告》时，收集到的植物种类数为3567种，近年出版的《新疆土地资源及开发利用》一书中称植物种数为3537种，1998年编辑的《中国农业全书·新疆卷》中称植物种数为接近4000种;同样野生动物资源种数也不清，显示了生物多样性保护基础工作差，由此而缺乏制定保护措施的基础。
执法不严，管理不力。明令禁止的非法狩猎活动仍时有发生，偷猎藏羚羊、雪鸡、塔里木兔、马鹿的现象依然存在;以保护植物为原料的生产厂家仍以采集、收购保护植物进行生产销售，如麻黄、甘草的采集已造成荒漠植被大面积破坏，贝母、雪莲、黄芪、阿魏资源破坏也十分严重。
保护区的地位未能得到足够的重视，任何有利于当地经济发展的活动如采金、旅游等不能得到有效管理和规范，对保护区内的各种资源破坏问题继续存在。
生物多样性保护的监督检查工作不力。缺乏对资源管理部门与监督管理部门的规范化管理手段，如建立狩猎场项目的环境评价、生物活体进出境的风险评价工作仍未开展。
