根据原环境保护部办公厅《城市水环境质量排名技术规定（试行）》（环办监测﹝2017﹞51号）和《关于印发<城市地表水环境质量排名技术规定（试行）>的通知》（新环办发﹝2017﹞178号）要求，自治区生态环境厅对全区14个地（州、市）辖区内的河流、湖库2018年1-12月监测结果开展了地表水环境质量状况排名。
城市水质指数由低到高排名依次为吐鲁番市、克孜勒苏柯尔克孜自治州、昌吉回族自治州、喀什地区、和田地区、阿克苏地区、伊犁哈萨克自治州、塔城地区、巴音郭楞蒙古自治州、哈密市、克拉玛依市、阿勒泰地区、乌鲁木齐市、博尔塔拉蒙古自治州。
全区14个地（州、市）地表水环境质量状况排名（1-12月）
| 排名 | 地（州、市） | 2018年城市水质指数（1-12月） | 2017年城市水质指数（1-12月） |
|---|---|---|---|
1 | 吐鲁番市 | 2.6203 | 2.7627 |
2 | 克孜勒苏柯尔克孜自治州 | 3.0148 | 2.9541 |
3 | 昌吉回族自治州 | 3.0177 | 2.6125 |
4 | 喀什地区 | 3.2524 | 3.2079 |
5 | 和田地区 | 3.4268 | 3.1786 |
6 | 阿克苏地区 | 3.5292 | 3.5219 |
7 | 伊犁哈萨克自治州 | 3.6268 | 3.7488 |
8 | 塔城地区 | 3.6501 | 3.6668 |
9 | 巴音郭楞蒙古自治州 | 3.7623 | 3.9510 |
10 | 哈密市 | 3.7846 | 3.4413 |
11 | 克拉玛依市 | 4.0889 | 4.1508 |
12 | 阿勒泰地区 | 4.3627 | 4.5842 |
13 | 乌鲁木齐市 | 5.9199 | 7.0654 |
14 | 博尔塔拉蒙古自治州 | 6.5024 | 6.8682 |
注：城市水质指数越小，水环境质量状况越好。
