2017年8月，自治区环保厅、发改委、经信委、科技厅、财政厅、国土资源厅、住建厅、水利厅、林业厅、畜牧厅、商务厅等12个部门根据《新疆维吾尔自治区水污染防治工作方案》有关要求，建立了由主管领导负责、职能处室落实、联络员（处级）定期联系的《新疆维吾尔自治区水污染防治工作联系机制》。该工作联系机制的建立，将进一步加强各部门工作的联系与协调，形成工作合力，扎实推进自治区水污染防治工作。
该工作联系机制规定，由自治区环保厅牵头、负责各部门工作的协调、进展情况资料的调度、汇总和使用，各部门按照工作要求提供相关工作资料。根据工作需要，将定期或不定期召开联席会议，通报各部门工作进展，交换相关资料，在自治区层面协调开展有关工作，推动全区各地有关工作的落实，商议对各地进行年度考核及考核评分的审定、开展联合检查等工作，审议国家对新疆考核时我区需要提供的自查报告。
