自治区环保厅系统现有基层党委4个，其中包括：厅机关党委、自治区环境监察总队党委、自治区环境保护科学研究院党委、自治区环境监测总站党委。厅系统共有党支部35个，其中：厅机关党支部12个，直属事业单位党支部23个，其中：自治区环境监察总队党委下设3个支部，自治区环境保护科学研究院党委下设5个支部，自治区环境监测总站党委下设6个支部。
自治区环保厅严格落实《中国共产党基层组织选举工作条例》和《新疆维吾尔自治区实施〈中国共产党党和国家机关基层组织工作条例〉办法》规定，厅系统党的基层委员会一直按期进行换届选举和调整改选工作，因2016年底和2017年初，厅党组结合自治区“访惠聚”工作和干部轮岗规定，调整了一批干部，涉及大部分机关党委委员，为保证换届工作的严肃性，经请示区直机关工委，申请将我厅机关党委任期进行延长。今年7月14日，厅机关党委换届选举准备工作已经完成，并将选举结果报送区直机关工委。
厅直属事业单位有3个党委，其中：自治区环境监察总队党委是2013年12月换届的，今年12月届满，计划12月底之前进行换届；自治区环境监测总站党委是2013年7月进行换届的，已于今年6月30日完成了换届工作。厅机关12个支部全部完成换届，2017年没有换届支部。直属事业单位有23个支部，其中有15个党支部今年届满，分别于今年1-7月份完成全部换届选举工作。
目前厅系统没有到期未换届的党委和党支部。
